L'idée d'aider les mutants ne date pas d'hier. Cette idée est devenue possible il y a plus de 15 ans lors de la rencontre entre Charles, Erik et Hank. Ils utilisent une première version du Cerebro pour repérer les mutants et commencer à recruter. Leur premier repère était dans une base militaire, qui a été attaquée par un mutant ennemi, le Dr Shaw. Depuis, ils ont trouvé refuge dans le manoir de Charles Xavier, qu'il a renommé l'Institut Xavier.
C'est ici que Charles et Erik ont aidé les premiers élèves à perfectionner leurs dons. Par la suite, le chemin d'Erik et Charles se sont séparés mais ce dernier n'a pas abandonné l'idée. Les mutants ont cependant fini par quitter le manoir pendant une guerre. Laissant le propriétaire des lieux dans la déchéance d'avoir tout perdu. C'est après que Raven ait pu stoppé Erik, sauvant au passage l'humanité que Charles a pu réouvrir son école.
La plupart sont des jeunes qui ont du mal à être accepté par la société à cause de leurs dons. Certains ont du mal à s'accepter eux mêmes. D'autres sont rejetés par leurs familles. Charles leurs apporte un foyer qui se veut chaleureux. Il aurait préféré éviter mais avec l'apocalypse qui approche, il sait qu'il va devoir les former au combat.